孜珠寺位于西肝县觉恩乡境内的孜珠山上，离县城约37公里。据说孜珠当地历史最早可追溯到二、三千年以前。孜珠寺是苯教著名高僧于十四世纪中期再度兴建和恢复的。
“孜珠”意为六座山峰。这里异峰突起，挺拔险峻，怪石嶙峋，禅洞叠叠。由于历史的原因，苯教这个曾经一度掌握过西藏政教大权的原始宗教，后来不得不让位于佛教，而到边远偏僻的地方隐藏起来，以保存自己的势力。
孜珠寺是康区一带现存规模最大、教徒最多、苯教仪轨保存最完整的寺庙之一。孜珠寺的苯教禅院可系统地讲述苯教经典、传授包括神秘而古老的苯教无上瑜珈等各种修习方法。该寺还存有一种古老的苯教裸体神舞。