贡萨寺位于距玉树州治多县城西9公里、海拔4300米的嘉吉阿尼噶宝山坡上，是12世纪由拔噶举派的创始人拔达玛旺秀的心传弟子秋杰次成帮巴创建，由此产生秋杰活佛转世系统。第二世秋杰索南扎巴扩建寺院并改宗为直贡噶举派。公元15世纪，五世达赖昂旺洛楹嘉措又将该寺改宗为格鲁派寺院。
1981年寺院从治多县城北面闹布旺江旧址搬迁到现在的新址，并修建了大经堂、弥勒佛殿、密宗和护法神殿及活佛寝宫等建筑，寺内存有《甘珠尔》、《丹珠尔》等佛经不计其数。贡萨寺宗喀巴大佛为世界最大的室内铜制镀金佛像，并被授予“大世界基尼斯之最”证书。
